現在、Win2000SP4を使っているのですがCドライブのファイルシステムがFAT32なために、ファイル・フォルダ属性の暗号化が使えません。そこで、NTFSファイルシステムにフォーマットをしないで変換したいのですが方法が良くわかりません。
簡単な変換方法を知ってる方どうか教えてください。

タイトルと内容が矛盾してるのですが…
NTFSに変えたい場合は下記をご覧ください
http://support.microsoft.com/kb/214579/ja
NTFSに変えないで,と読んでしまうと矛盾になりますが, フォーマットをしないで(既存のファイルを維持したまま)NTFSファイルシステムに変換したい,とおっしゃっているのでしょう。
回答#1のとおり,コマンドプロンプトで,
convert c: /fs:ntfs
を実行して「y」と答えて,PCを再起動します。
これで既存のファイルはそのままでファイルシステムの変換ができますが,万が一,失敗してデータを失ってもその補償は誰もしてくれません。バックアップはとっておいた方がよいです。