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遺伝研、ゲノム医療研究用のスーパーコンピュータを稼動

NO BUDGET

2019-03-09 09:20

 国立遺伝学研究所(遺伝研)は、スーパーコンピュータシステムの稼働を開始した。同システムを構築した日立製作所が3月5日に発表した。

 このシステムは、高い演算性能や大規模なストレージ環境を有しており、世界中の研究者が塩基配列データを登録する国際塩基配列データベースをはじめ、ゲノム関連の各種データベースを構築するITインフラとしても活用される。総理論演算性能は従来比の約2.2倍となる876.2TFLOPS。

 ゲノム医療研究が加速する中、遺伝研のスーパーコンピュータシステムは、国内250カ所以上におよぶ多くの研究機関から活用されている。ゲノム解析やデータベース構築に必要な演算能力やストレージ容量の増強が求められていた。

システム概要(出典:日立製作所)
システム概要(出典:日立製作所)

 同システムは、InfiniBandで相互接続される各ノードのリソースを、論理的に分割可能とする構成となっている。ゲノム解析や各種用途に合わせて、ノードを割り当てることができる。

 また、GPUに「NVIDIA Tesla V100」を搭載。AIによる解析が可能なソフトウェアを整備した。研究者が必要とする各種アプリケーションやそれらが動作するライブラリをコンテナ仮想化技術でパッケージ化している。これにより環境構築の負荷を軽減し、ゲノム解析の研究を効率化する。

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