FreeBSDに心うつり

＞レンタルサーバーではよくFreeBSDが使われていますが、理由が知りたいです。

Linuxがそうではないという訳ではないですが、FreeBSDがどちらかというとデスクトップ向けではなくてサーバー向けとしてOSの開発が行われてきたからでないかと。

＞書籍が少なく、最新パッケージが使えなさそうな気がして心配なのですが、

Linuxに比べれば商用ソフトというのは少ないですが、それ以外の部分ではよほどの事が無い限り最新のものが使えないという事はないと思います。
個人的にはバイナリパッケージのPackagesは使用しないで、自分で好きな設定でソールファイルからパッケージを作成するPortsでのインストールの方が多いです。
最近は殆どしていませんがPort/Packagesとしてないものは自分でソースファイルからコンパイルして作成します。

あとLinux バイナリ互換機能がありますので、Linux用にコンパイルされたソフトも全てではないとは思いますがFreeBSD上で実行可能です。

＞FreeBSD用のPHPのバージョン, MySQLのバージョンが知りたいです。

手元にある環境(6-STABLE)ではMySQLとPHPは下記のバージョンが稼働しています。

○MySQL 4.0.x、php4
yggdrasill# pkg_info -aI | grep -e mysql -e php4
mod_php4-4.4.2_1,1 PHP Apache Module
mysql-client-4.0.27 Multithreaded SQL database (client)
mysql-server-4.0.27 Multithreaded SQL database (server)
＜以下、省略＞

○MySQL 5.0.x、php5
jail# pkg_info -aI | grep -e mysql -e php5
mysql-client-5.0.24a Multithreaded SQL database (client)
mysql-server-5.0.24a Multithreaded SQL database (server)
php5-5.1.6 PHP Scripting Language (Apache Module and CLI)
＜以下、省略＞

上記以外にもMySQLだと、4.1.x、5.1.xがPorts/Packagesからインストール可能です。

http://www.jp.freebsd.org/

Linux等と同じくやはり有志の方が運営されてます。