ファイル名の文字コードについての初歩的な質問です

一ヶ月前ころから、Linux(Fedora core6)を使い始めた初心者です。今までは、Windows XPのみ使用してきました。
Fedora core6は、Windows XPとは別のPCにインストールしました。

今までWindows上で作成したファイルを、直接Linuxパーティションにコピーして使用したいです。

Windows(Shift_JIS)のパーティション上で作成したファイルを、Linux(UTF-8)のパーティション上にコピーした場合、日本語ファイル名だと文字化けしてしまいます...。

『直接、Linuxパーティションに』コピーしても文字化けしないように、今までWindows上で作成したファイル(主に、自作のtxt,htmのWebページのスクラップ,pdf,eml...です)や、新規に作成するファイルのファイル名を、英数字で置き換えようかとも思ったのですが、すべてのファイルにその内容にうまく合致した見やすいファイル名をなかなか考えつきませんでした。

そこで、対照表(元のファイル名の一覧表)のようなものを作ったらどうだろう...と思いました。既存のファイルや新規に作成するファイルのファイル名を[txt00001]などの英数字に直して、その英数字に元の日本語のファイル名を付加したものを別途txtファイルにまとめたら良いのではないかと思いました(目的のファイルを開きたいときに、その対照表(txt)でファイルの元の日本語名を照会)。

こんな方法でうまく行きますでしょうか？(＞＜；...。

また、よろしければ、他におすすめの方法がありましたら、教えてください。

よろしくお願いいたします。