32G以上のパーティションをFAT32でフォーマットできるフリーソフト

>HDDメーカーで配っているツールしか

でも殆ど使えますけどね。ライセンス的にどうかは知りませんが。
他にやる方法としてはknoppixなどを使うとか、Meの起動ディスクからやるとか、XPの回復コンソールから行うとか色々な方法はあります。

単にWindows2000/XPの標準機能を使ってGUI上で行う方法がないだけです。

デメリットはやはり、理論上の話ですがNTFSの方が障害には強いとされています。実測でどうかと言われるとそんなレポートを出しているところはないと思いますが。どうせ壊れる時は壊れるし、それがNTFSだったら壊れなかったケースであるというような推測は非常に困難でしょう。
他にはFAT32の方が明らかに断片化が発生しやすいとか、一ファイル辺りのサイズ上限が4GBとか、NTFSの場合は標準でセキュリティ権限を与えられるとかそういったメリットがあります。

WindowsとMACでファイル共有をやりたいだけなら他にも方法は幾らでもありますし、まぁ別にFAT32に拘る必要はあまりないとは思いますが。ただ多少面倒というだけで、その代わり一々外付けHDDを付け替えたりすることを考えたら、それなりの手段を使ってLANで共有させていた方がなにかと便利かと思います。

USB-HDDはどこのメーカのでしょうか？

IO-DATAであればツールが提供されています。

出所のはっきりしない起動ディスクでよければ「bootdisk」で検索してみてください。
ただし、USB-HDDがBIOS上から認識できないと起動ディスクでフォーマットできませんのでご注意ください。