MDGRAPE-3

MDGRAPE-3は、理研によって開発された「MDGRAPE-3チップ」と呼ばれるLSIを24個搭載したユニット201台に、インテル社のデュアルコアプロセッサ「Xeon」を256個搭載したサーバー64台、「Xeon」を74個搭載した並列サーバー37台によって構築されている。 理論上のピーク性能としては、MDGRAPE-3は1ペタフロップス（PFLOPS）の処理速度が実現可能であるとされる。 1ペタフロップスは、毎秒千兆回の演算処理を行うことができる単位である。 世界のスーパーコンピュータの性能をランク付けしているTOP500ランキングにおいてMDGRAPE-3登場時（2006年6月）に第1位に位置していたIBMの「BlueGene/L」と呼ばれるシステムのピーク性能は360テラフロップス（TFLOPS）となっていた。 MDGRAPE-3は理論的にIBM BlueGene/Lの3倍の性能を持っていることになる。 ただ、TOP500リストの基準となるベンチマークテストの方式「Linpack」を行うことができないため、直接に比較することがはできなくなっている。 MDGRAPE-3は、分子動力学のシミュレーションのために提供され、医薬品の分析や生命現象の原子レベルでの解析が行われることになっている。