毎度、お世話になってます。
またくだらない質問かもしれないのですが、
apache で、htmlドキュメントその他いわゆるWebページとして 公開するファイルを置くディレクトリに良く見られるのが /usr/local/apahce/htdocs 等だと思われます。
ですが、私の環境(FreeBSD Release6.1+Apache1.3.34)だと インストール後のデフォルトが /usr/local/www/data になってる ようです。いわゆるレンタルサーバなどの場合、前者/usr/local/apache/htdocs みたいなのを良く見かけたのですが (OSはFreeBSDのバージョン違い)これって、違ってるのが普通 なんでしょうか。
個人的感覚からして、こういうディレクトリ構造ってある程度 似通ってるのが普通なんじゃないかと思っていたのですが。

>/usr/local/www/data
Ports/Packagesからインストールするとそうなりますね。
>/usr/local/apache/htdocs
Apache(1.3系)をtarballからconfigure時に特に何も指定しないでインストールした場合のデフォルトですね。
FreeBSDの場合には、/usr/local/wwwディレクトリ配下にHTMLファイルやPHPスクリプト等を集約しているようです。 例えば、WEB上でPostfixの仮想ドメイン/仮想ユーザの管理を行えるpostfixadmin(PHPスクリプト)は、Ports/Packagesからインストールすると/usr/local/www/postfixadminにインストールされますね。
まあ、httpd.conf内で設定を変更すれば/usr/local/www/data以外の好きなディレクトリにする事も出来ますね。 変更したからと言ってDocumentRootの位置を意識するようなものでもない限り特に問題は出ないと思いますよ。
/usr/local/www/data以外にしてXOOPS(PHP、MySQLとの連動)を動かしていましたが特に問題なかったですし、現在は(名前ベースの)バーチャルホストでバーチャルホスト毎にDocumentRootを設定して/usr/local/www/data以外でもXOOPS、OpenPNE、Postfixadmin等が動作していますがちゃんと動作しています。
Apacheの設定によって、いかようにもできます。 Linux系だと/var/www/htmlとかもありますね。 apacheを何も設定せずにコンパイルしインストールすると たしか/usr/local/apache2/htdocsがhtmlの置き場になるのではないでしょうか。