違いを教えください！！

長文で失礼します。

Linuxはカーネルと呼ばれるOSの中核をなすプログラムのみが共通しています。しかしOSはカーネルだけでは動かないため、カーネル以外の部分も一緒に用意しないとOSとして使えません。このカーネルとその他のものをひとまとめにしたものをディストリビューションと呼びます。

WindowsではWindows対応(バージョンも対応している)というアプリケーションを用意すればそのままインストールできますが、Linuxではディストリビューション毎にアプリケーションを用意する必要があり、またインストール方法も違います。

一方、FreeBSDにはディストリビューションというものはなくバージョンさえ一致していればアプリケーション(packageと呼ばれます)をインストールできます。

ちなみに、FreeBSDにはLinuxのエミュレータという機能があり、Linux用のアプリケーションをそのままFreeBSDで使うことも出来ます。(全てというわけではありません)

機能面から見ると、Linuxの方が開発者が多いため新しいハードウェアへの対応が早いです。
FreeBSDではLinuxと比べると対応しているハードウェアが若干少なめだと思います。(特にマルチメディア形のハードウェアの対応は遅いと思います。)

全体的に見ると、Linuxはマルチメディアアプリケーションと商用アプリケーションが豊富なエンドユーザ向けのOS。(ただし、ディストリビューションごとの差が大きいのでディストリビューションによって異なるOSだと思った方がいいと思います。)

FreeBSDはDVDプレーヤーなどのマルチメディア系のアプリケーションが少ない、サーバに最適なOS。(ただし、マルチメディア以外のアプリケーションはほとんど差がないのでエンドユーザに適さないという訳ではありません) だと思います。