windows 2003 server SP2の現行マシーンの外部ストレージHD内ファイルをXPの別マシーンにUSB接続した外付けHDに一時的にコピーしたいと思っています。
XPの別マシーンは2003現行マシーンと同じドメインに参加させて、USB接続HDに共有をはりますが、単純なコピーだけでアクセス権限は引き継がれるのでしょうか?

アクセス権を継承するのは「同一ドライブ」での移動の場合に限られるのではないでしょうか。
別ドライブへの移動の場合は、元のフォルダでは削除され、移動先のフォルダでは新しくファイルがコピー作成されるからです。
> それでは、コピー後アクセス権を全フォルダーに適用したい場合、一括で適用する方法はあるのでしょうか?
コピーした後では個別に設定するしかないと思います。
したがって、コピーする前に、コピー先に新規フォルダを作成し、そのフォルダにコピー元のアクセス権を設定しておいて、そのフォルダ内にコピーすればいいのではないでしょうか。(コピー操作ですので新規フォルダに設定したアクセス権がフォルダ内のファイルに設定されるはずです)
コピーした場合は、コピー先のアクセス権を引き継ぎますので
コピー元にアクセス権が設定されていてもコピー先ではフルコントロールに
なるのではないかと思います。
移動であれば基本的にアクセス権は引き継がれますが。
それか、Windowsバックアップを利用すればアクセス権を保持したまま
バックアップができます。