OS:FreeBSD6.2-release
portsで
--with-mysql
してapache22をインストールすると自動的にMySQL5.0-clientが入りますが、この時にMakefile等を編集してMySQL4.1-clientを入れることは出来ますか?
それとも、MySQL4.1-clientを先にインストールすべきなのでしょうか?
よろしくお願いします。

現状の FreeBSD Ports Collection では残念ながら
依存するプログラムのバージョンを指定する方法が統一されておらず、
/usr/ports/Mk/* を読解して対応することになります。
MySQL の場合は bsd.databases.mk を読むと、
WITH_MYSQL_VER - User defined variable to set MySQL version.
と説明されています。
また、MySQL の場合は複数バージョンの併存はできないようなので、
インストールされてしまった目当てではないバージョンはアンインストールしておかなければなりません。
そのうえで
make install WITH_MYSQL_VER=41
とすればよいでしょう。
ただし、MySQL のように複数バージョンを併存させられない場合は特に、依存関係の整合を取るのが困難になるので、できるだけ ports システム側のデフォルトバージョンを利用するのが良いと思います。