.htaccessで以下のように書いています。
<FilesMatch "\.(html|htm)$">
SetEnvIf Accept-Language ja OKL
order deny,allow
deny from all
allow from env=OKL
</FilesMatch>
これをapache2のhttpd.confに書いたところ、SetEnvIf Accept-Language ja OKLの行をちゃんと認識してくれません。jaの部分をenとかにしてもアクセス出来てしまいます。この行をhttpd.confに書くにはどのように書けばいいのでしょうか。

どうも失礼いたしました。
Apacheアニュアルを見るとSetEnvIfディレクティブのコンテキスト(設定ファイル中のどこで有効なのか)は
サーバ設定ファイル, バーチャルホスト, ディレクトリ, .htaccessとなっていますね。
つまり、サーバ設定ファイル(httpd.conf)でも有効であることが解ります。
次のようにしてはどうでしょうか
httpd.confで
SetEnvIf HTTP_ACCEPT_LANGUAGE "ja" OKL
のように定義しておいて、たとえば以下のように
<Directory>...</Directory>にてアクセス制御を記述する
<Directory "/ディレクトリのフルパス">
...
order deny,allow
deny from all
allow from env=OKL
</Directory>