編集部からのお知らせ
解説集:台頭するロボット市場のいま
解説集:データ活用で考えるデータの選び方

IBM Power Systemsで西ナイルウィルスを媒介する蚊のゲノム構築--ベイラー医科大学

NO BUDGET

2017-05-09 08:00

 ベイラー医科大学の研究者チーム(TC4GA)が、西ナイルウィルスを媒介するネッタイイエカの12億文字のゲノムを構築した。この研究には、IBM、Mellanox、NVIDIAのテクノロジが利用されている。新しいゲノム構築により、ウィルスが伝播に用いる蚊の弱点を突き止め、西ナイルウィルス対策の強化を図ることが可能になった。

 4月27日、IBMはTC4GAの成果を伝えるとともに、今回利用された高性能コンピューティングシステムの活用内容を伝えている。

 VOLTRONと名付けられた高性能コンピューティングシステムは、IBM Power Systemsをベースとしており、幅広いデータ分析を必要とする研究に求められるスケーラブルなHPC性能を提供する。TC4GAは、米国エネルギー省オークリッジ国立研究所などによる、世界有数のスーパーコンピューティングコミュニティに参加しており、今回の研究にもVOLTRONを利用した。

 TC4GAは、今回、VOLTRONの3Dアセンブリを活用し、DNAの折りたたみパターンによるゲノム探索(シーケンス)方法を採用した。これにより、細胞核を縦横に交差するゲノムを効率的に探し出すことができる。その結果、2〜3週間と1万ドル足らずでヒトゲノム計画と同等のゲノムシーケンスが可能になった。ヒトゲノム計画には10年の歳月と40億ドルのコストがかかっていた。

 VOLTRONは、それぞれ8個のNVIDIA Tesla GPUを搭載した4つのシステムのクラスターで構成されている。Tesla GPUは、NVIDIAの技術者によってチューニング済みのものを利用した。

 なお、TC4GAは、VOLTRONの能力を最大限に高めるために、Mellanoxのインターコネクト技術とアクセラレーションエンジンを利用している。また、IBMとNVIDIAのコラボレーションによって構築されたNVIDIA Teslaアクセラレーテッドコンピューティングプラットフォームも、TC4GAの研究を支援した。

ZDNet Japan 記事を毎朝メールでまとめ読み(登録無料)

Special PR

特集

CIO

セキュリティ

スペシャル

ホワイトペーパー

新着

ランキング

  1. クラウドコンピューティング

    AI導入に立ちはだかる「データ」「複雑さ」「コスト」「人材」の壁をどう乗り切ればいいのか?

  2. クラウドコンピューティング

    【IDC調査】2026年には75%のアプリがAIを実装!導入で遅れた企業はどう“逆転”すべきか?

  3. 運用管理

    経産省調査で明らかに:未だにレガシーシステムを抱える企業が8割!オープン化でよくある課題とは?

  4. 運用管理

    AWS東京リージョンの大規模障害に学ぶ、パブリッククラウド上のシステムの迅速な復旧方法

  5. windows-server

    【ユースケース】ソフトウェア開発にDell EMCインフラ+コンテナを使うメリット

NEWSLETTERS

エンタープライズ・コンピューティングの最前線を配信

ZDNet Japanは、CIOとITマネージャーを対象に、ビジネス課題の解決とITを活用した新たな価値創造を支援します。
ITビジネス全般については、CNET Japanをご覧ください。

このサイトでは、利用状況の把握や広告配信などのために、Cookieなどを使用してアクセスデータを取得・利用しています。 これ以降ページを遷移した場合、Cookieなどの設定や使用に同意したことになります。
Cookieなどの設定や使用の詳細、オプトアウトについては詳細をご覧ください。
[ 閉じる ]