独立行政法人理化学研究所（理研）と日本SGI、インテルの3法人は6月19日、理論ピーク性能1ペタフロップスの分子動力学シミュレーション専用コンピュータ・システム「MDGRAPE-3（エムディーグレープ・スリー）」の構築に成功したことを発表した。1ペタフロップスは、1秒間に1000兆回の演算を行う能力を指す。
このシステムは、理研の開発した分子動力学シミュレーション専用LSIチップである「MDGRAPE-3チップ」を24個搭載したユニット201台（計4808チップ）に、インテル製のXeonプロセッサ5000番台（開発コード名：Dempsey）コアを256個搭載した並列サーバ64台と、Xeonプロセッサ3.2GHz（2次キャッシュ1MB）コアを74個搭載した並列サーバ37台を接続した構成。
理化学研究所の横浜研究所に設置されたMDGRAPE-3システム。6月24日に一般公開される予定
スーパーコンピュータの性能ランキング「TOP500（www.top500.org）」（2006年6月16日現在）リストで第1位にランクされている汎用スーパーコンピュータは、米ローレンスリバモア研究所の保有する「IBM BlueGene/L」。この理論ピーク性能は360テラフロップスであり、MDGRAPE-3はその約3倍の性能を有することになる。
なお、MDGRAPE-3は「Linpackベンチマーク」を実行できないため、同ランキングに登場することはない。
